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/****************************************************************/
/* S A S S A M P L E L I B R A R Y */
/* */
/* NAME: bglmmex1 */
/* TITLE: Example 1 for PROC BGLIMM */
/* DESC: Normal regression with repeated measurements */
/* REF: */
/* PRODUCT: STAT */
/* SYSTEM: ALL */
/* KEYS: */
/* PROCS: BGLIMM */
/* */
/* SUPPORT: Amy Shi */
/****************************************************************/
data Fev;
input Patient Baseval Drug$ Hour FEV;
datalines;
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210 2.27 a 2 2.77
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202 3.37 p 4 2.98
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202 3.37 p 7 2.70
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203 1.88 p 2 1.62
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203 1.88 p 4 1.68
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232 2.88 p 6 2.89
;
data SixPatients;
set Fev;
if 206 <= Patient <= 211 then output;
run;
proc sgpanel data=SixPatients noautolegend;
panelby Drug / columns=3;
rowaxis label = "FEV";
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series x=Hour y=Fev / group=Patient;
run;
proc bglimm data=Fev nmc=50000 nbi=2000 seed=44672057
outpost=Fev_mod1 ;
class Drug Patient Hour;
model FEV = BaseVal Drug;
random int / subject=Hour covprior=uniform(lower=0,upper=2);
random int / subject=Patient;
run;
proc bglimm data=Fev nmc=10000 seed=44672057
outpost=Fev_mod2;
class Drug Patient Hour;
model FEV = BaseVal Drug Hour;
random int / subject=Patient;
estimate "A vs B" Drug 1 -1;
run;
proc bglimm data=Fev nmc=10000 seed=44672057
outpost=Fev_mod4;
class Drug Patient Hour;
model FEV = BaseVal Drug Hour;
random int / subject=Patient;
repeated Hour / subject=Patient(Drug) type=un r rcorr;
run;
ods output rcorr=rcorr r=rcov;
proc bglimm data=Fev nmc=10000 seed=44672057
outpost=Fev_mod4;
class Drug Patient Hour;
model FEV = BaseVal Drug Hour;
random int / subject=Patient;
repeated hour / subject=Patient(Drug) type=un r rcorr;
run;
data r;
set rcorr;
array col[8] col_:;
X = Row;
do Y = 1 to 8;
corr = col[Y];
output;
end;
keep X Y corr;
run;
data c;
set rcov;
array col[8] col_:;
X = Row;
do Y = 1 to 8;
cov = col[Y];
output;
end;
keep cov;
run;
data a;
merge r c;
run;
proc template;
define statgraph heatmaps;
begingraph / subpixel=on;
entrytitle "Correlation Matrices";
layout overlay /
xaxisopts=(label='Hour'
discreteopts=(tickvaluefitpolicy=thin))
yaxisopts=(label='Hour'
discreteopts=(tickvaluefitpolicy=thin)
reverse=true)
aspectRatio=1;
heatMapParm x=x y=y colorResponse=corr / xGap=1px yGap=1px
colormodel=threecolorramp name='heat2';
continuouslegend 'heat' / orient=vertical location=outside halign=right;
endlayout;
endgraph;
end;
run;
proc sgrender data=a template=heatmaps;
run;
data Pred;
input Patient BaseVal Drug$ Hour FEV;
datalines;
1 2.46 a 1 .
1 2.46 a 2 .
1 2.46 a 3 .
1 2.46 a 4 .
1 2.46 a 5 .
1 2.46 a 6 .
1 2.46 a 7 .
1 2.46 a 8 .
1 2.46 c 1 .
1 2.46 c 2 .
1 2.46 c 3 .
1 2.46 c 4 .
1 2.46 c 5 .
1 2.46 c 6 .
1 2.46 c 7 .
1 2.46 c 8 .
1 2.46 p 1 .
1 2.46 p 2 .
1 2.46 p 3 .
1 2.46 p 4 .
1 2.46 p 5 .
1 2.46 p 6 .
1 2.46 p 7 .
1 2.46 p 8 .
;
data Combined;
set Fev Pred;
run;
proc bglimm data=Combined nmc=10000 seed=44672057
outpost=Fev_mod4_pred;
class Drug Patient Hour;
model FEV = BaseVal Drug|Hour;
random int / subject=Patient;
repeated Hour / subject=Patient(Drug) type=un;
run;
%sumint(data=Fev_mod4_pred, var=FEV_:, print=NO, out=pred_si)
data Comb_pred;
merge Pred Pred_si;
run;
proc sgpanel data=Comb_pred noautolegend;
panelby Drug / columns=3 ;
rowaxis label = "FEV";
scatter x=Hour y=mean / group=Patient;
series x=Hour y=mean / group=Patient;
run;